В некоторых случаях (например, при аварийной перезагрузке сервера по питанию) из меню ISPManager пропадает пункт MySQL (он же «Базы данных»).
Это часто происходит по той причине, что сам ИСПменеджер запускается раньше означенных служб, сканирует владения, и дабы не смущать пользователя нерабочими (служба-то мускуля, напоминаю, не запущена) ссылками аккуратно их скрывает с глаз долой. 
Поправить ситуацию просто. Подключитесь к серверу по SSH и выполните следующие команды:
для запуска MySQL выполните в консоли
и после его запуска:
Последнее нужно для того чтобы убить все запущенные процессы ISP Manager и при следующем обращении к нему пользователя был запущен свежий экземпляр, который «узнает» что у него в хозяйтве есть запущенный мускуль и добавить пункт «Базы данных» в своё меню.